《神医华佗》是一部大投资、大制作的大型剧集，为了把一代神医华佗青年时代传奇浪漫故事表现得更动人，特聘请了台湾亚视的首席导演李翰韬和蒲腾晋执导，又精心挑选以脍炙人口的《苍天有泪》的男女主人公扮演者庹宗华

建安五年(公元200年)，曹操与袁绍准备决战于官渡时，突然头痛发作，神医华陀仅为曹操扎了一针便治好了他的病。曹操想将华陀留于军中为自己治病，华陀却想用医术造福于天下疾苦百姓，并研制出麻药，退辞离开。后

抗日战争时期，年轻的女考古学家方志珍与父亲方教授同在大学任教，志珍怀着强烈的爱国心决心把失落民间的神医华佗的医著寻找回来。志珍和日本考古学家川多磨在一座古塔中发现两颗明珠，却被也来寻书的德国人干戈一伙